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Mais, au cours de ce voyage, Catherine n'eut pas affaire que de plaisirs. A Mâcon, où elle reçut la visite de la Reine de Navarre accompagnée de huit ministres du Saint Évangile, elle l'avait priée de renvoyer cette suite compromettante et lui avait fait promettre de ne plus contraindre, comme on l'en accusait à Rome, la conscience de ses sujets catholiques. Cette imprudence ou cette bravade de Jeanne d'Albret décida peut-être le gouvernement à interdire (Déclaration de Lyon, 24 juin 1564) l'exercice public du culte réformé dans tous les lieux et villes où le Roi passerait et pendant le temps qu'il y séjournerait; avec promesse toutefois à ceux de ladite religion qui se contiendraient «modestement en leurs maisons de n'estre recherchez en aucune manière»464. L'Édit de Roussillon (4 août 1564) renouvelait la défense aux seigneurs hauts justiciers et autres gentilshommes huguenots d'admettre des étrangers à leurs cérémonies privées, aux ministres de prêcher hors des lieux privilégiés, de tenir des synodes et de faire des collectes. Il confirmait l'ordre aux prêtres, aux moines et aux religieuses mariés de rompre leur union et de «retourner en leurs couvents et première vacation», ou de sortir du royaume sous peine des galères pour les hommes et de la «prison entre quatre murailles» pour les femmes465. A une époque où l'État et l'Église faisaient corps, cette rigoureuse mesure de police disciplinaire s'expliquait, mais la Réforme avait tant recueilli de ces défroqués qu'elle se sentit atteinte. Toutefois, si la Reine interprétait en toute rigueur l'Édit de pacification, elle entendait le maintenir contre l'arbitraire des officiers, des gouverneurs et des communautés de villes. Malgré les jurats, le maire et les magistrats, le Roi dispensa les réformés de Bordeaux et du Bordelais de tapisser le devant de leurs maisons les jours de procession, de payer les deniers des confréries et de jurer «sur les bras de Sainct Antoine», et, malgré le corps de ville, il les déclara éligibles aux charges municipales (Valence, 5 septembre 1564)466. Catherine écrivait au baron de Gordes, lieutenant général du Roi en Dauphiné, de faciliter aux protestants du Briançonnais l'exercice de leur culte, et, comme les catholiques du pays se plaignaient de ce gouverneur «politique», elle le fit remercier par le Conseil d'avoir toujours maintenu le repos et la tranquillité des sujets du roi dans sa province. Elle demanda au commandant des forces pontificales à Avignon, Serbelloni, et finit par obtenir qu'il laissât rentrer dans leurs maisons et rétablît dans leurs biens les religionnaires du Comtat-Venaissin467.