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Mais elle aspirait à la paix et le hasard la servit bien. Antoine de Bourbon mourut quelques jours après la prise de Rouen d'un coup d'arquebuse reçu au siège (17 novembre). Les chefs des deux armées, Condé et le Connétable, furent faits prisonniers et Saint-André tué à la bataille de Dreux, l'action la plus mémorable de cette première guerre civile (19 décembre). Guise fut assassiné par Poltrot de Méré devant Orléans qu'il assiégeait (24 février 1563). Elle se trouva débarrassée momentanément ou pour toujours des principaux chefs des deux partis. Mais Coligny continuait à tenir la campagne et les Anglais étaient au Havre. Crussol, le mari d'une de ses dames favorites, qu'elle avait envoyé pacifier le Languedoc, réussissait si bien à s'entendre avec les huguenots de la province qu'il en devenait inquiétant. Il fallait faire la paix au plus vite. Elle eut l'air de la considérer comme un accord entre les catholiques et les protestants, où la royauté n'interviendrait à la fin que pour donner sa sanction. Elle s'assurait ainsi le moyen d'opposer à leurs exigences un contrat d'obligations mutuelles. Le Connétable et Condé furent de part et d'autre relâchés pour discuter les clauses du traité. Catherine était sûre que les négociateurs ne se sépareraient pas sans conclure. C'était à Montmorency, l'un des auteurs responsables du conflit, de voir quelles concessions il pouvait faire aux protestants. Le dernier survivant du triumvirat tint à honneur de ne pas se dédire. À sa première rencontre avec Condé, il lui refusa si net le rétablissement de l'Édit de janvier que le jeune Prince, impatient de sa captivité, consentit à débattre et finit par accepter des clauses moins avantageuses389. L'Édit de pacification d'Amboise (19 mars 1563) octroya la liberté de conscience aux réformés dans tout le royaume, mais restreignit la liberté de culte à certains lieux ou à certaines personnes. Les seigneurs hauts justiciers, avec leurs familles et leurs sujets, et les seigneurs ayant fief, avec leur famille seulement, en jouiraient dans leurs maisons; l'ensemble des fidèles, dans une ville par bailliage, où il leur serait loisible d'avoir des temples dans les faubourgs. Et même dans la vicomté et prévôté de Paris, il n'y aurait d'autre exercice que du catholicisme. Ainsi les droits en matière religieuse étaient localisés et hiérarchisés. Les hauts justiciers pouvaient admettre leurs sujets à leurs cérémonies domestiques, ce que les simples fieffés ne pouvaient pas faire. Le reste des nobles, les gens des villes et les paysans, à moins que ceux-ci ne fussent sujets d'un haut justicier, étaient obligés d'aller chercher souvent très loin un temple ou une assemblée de prière. Les gentilshommes qui défendaient Orléans acceptèrent, par lassitude et préjugé de distinction sociale, ce compromis que les ministres réfugiés dans la place avaient unanimement condamné390. Les chefs spirituels prévoyaient sans doute que la Réforme, cantonnée et, pour ainsi dire, parquée, n'aurait plus de pouvoir rayonnant, chacun de ses foyers étant isolément trop faible. Coligny, arrivé aussitôt après la conclusion de la paix, blâma Condé d'avoir fait «la part à Dieu», une petite part et d'avoir ruiné plus d'églises «par ce trait de plume que toutes les forces ennemies n'en eussent pu abattre en dix ans»391. Calvin le traitait de «misérable» qui avait trahi «Dieu en sa vanité»392. La faute était en effet de conséquence dans le présent et pour l'avenir. L'aristocratie du parti semblait s'être désintéressée de la cause commune. Se réserver la pleine jouissance du culte, continuer à occuper les plus hautes charges et les premières dignités de l'État et consentir qu'une grande partie des habitants des villes et des campagnes fût privée de la liberté la plus chère, c'était montrer peu de zèle pour les humbles et les petits et proclamer dans l'unité de foi l'inégalité des conditions. Le protestantisme apparut aux masses simplistes comme la religion de la haute noblesse, un nouveau privilège. Le recrutement par en bas se ralentit393.