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Mais elle se faisait illusion. Catholiques et réformés avaient même fin qui était de détruire l'Église rivale. Bèze remontrait à Condé, le jour de son «apoinctement» avec Guise, que «quant à sa querelle particuliere»... il «(Condé) savoit assez à qui il en faloit remettre la vengeance. Mais que nul ne povoit estre tenu pour amy de Dieu s'il ne se declairoit ennemy des ennemys jurez d'iceluy et de son Église en ceste qualité»305. L'Église gallicane se sentait même devoir contre les hérétiques. Elle autorisa, par zèle catholique, l'établissement en France de l'ordre des jésuites que jusque-là elle avait repoussé, en haine de ses principes ultramontains. Elle avait consenti à entendre les novateurs en leur justification, mais comme un tribunal chargé de prononcer l'arrêt. Les ministres réformés sollicitèrent du Roi la déclaration «que les evesques, abbés et ecclésiastiques» ne fussent point leurs «juges», attendu qu'ils étaient leurs «parties». Mais la Reine-mère estima que «pour lors il n'estoit expedient» de délivrer cet acte, «joinct qu'ils se devoient bien contenter de sa simple parole et promesse que les dits ecclésiastiques ne seroient aucunement juges en cette partie»306.