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La plupart des huguenots ne savaient aucun gré à Catherine de ses complaisances. Ils avaient si vivement mené la campagne aux élections de mai qu'ils eurent la majorité dans les ordres laïques aux États généraux de Pontoise. Les sectaires et les gens à principes du parti jugèrent le moment venu d'ôter la régence à la Reine-mère et d'en investir Antoine de Bourbon, qui, nouveau David, fonderait la nouvelle Jérusalem296. Mais le roi de Navarre, alors tout occupé de gagner le roi d'Espagne, repoussa leurs avances; et Coligny leur fit «approuver l'accord passé entre la Reyne et le roi de Navarre pour le faict du gouvernement». Le Clergé paya les frais de l'entente. Au château de Saint-Germain, où se réunirent (26 août), pour la séance royale, les ordres laïques venus de Pontoise et l'ordre ecclésiastique, assemblé à Poissy, l'orateur du Tiers, Bretagne, vierg (maire) d'Autun, justifia la liberté de conscience par le «grand zèle» que les sujets avaient «au salut de leurs âmes». Il rappela au Roi que «le faict principal [le] plus précieux et salutaire» de son office était «à l'exemple des bons roys, comme David, Ezechias et Josias, de faire» qu'en son royaume «le vray et droict service du Seigneur soit administré», et, en attendant, il réclama des temples ou autres lieux à part pour ceux «qui croyent ne pouvoir communiquer en saine conscience aux cérémonies de l'Église romaine»297. L'orateur de la Noblesse appuya ce vœu. Le cahier du Tiers proposait la confiscation des biens du Clergé comme un moyen qui «surpassoit tous les autres en profict et commodité» pour rembourser les emprunts de l'État. Le gouvernement profita des dispositions hostiles des ordres laïques pour amener le Clergé, qui ne payait pas d'impôts directs, à verser au Roi une subvention de 1 600 000 livres pendant six ans et à prendre l'engagement d'amortir en dix ans les rentes de l'Hôtel de Ville, autrement dit la dette publique298. C'est l'accord connu sous le nom de Contrat de Poissy et qui fut définitivement arrêté le 21 septembre 1561299.