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De l'hostilité des ordres laïques contre l'ordre ecclésiastique, le gouvernement profita pour adoucir le sort des réformés. Des lettres de cachet du 28 janvier 1561 et des lettres patentes du 22 février enjoignirent aux parlements de relâcher les prisonniers arrêtés pour cause de religion, avec obligation pour les amnistiés de vivre catholiquement à l'avenir et sans faire aucun acte scandaleux ni séditieux272. C'était le début d'une politique nouvelle. Catherine en exposa les motifs à son ambassadeur en Espagne, l'évêque de Limoges, chargé de faire agréer cet essai de tolérance au plus intolérant des souverains (31 janvier 1561). Le mal datait de trop loin pour que les remèdes ordinaires fussent efficaces. «Nous avons, écrit-elle, durant vingt ou trente ans, essayé le cautère pour cuyder arracher la contagion de ce mal (l'hérésie) d'entre nous et nous avons veu par expérience que ceste violence n'a servy qu'à le croistre et multiplier, d'aultant que par les rigoureuses pugnitions qui se sont continuellement faictes en ce royaume une infinité de petit peuple s'est confirmé en ceste oppinion jusques à avoir été dict de beaucoup de personnes de bon jugement qu'il n'y avoit rien plus pernicieux pour l'abollissement de ces nouvelles opinions que la mort publique de ceulx qui les tenoyent, puisqu'il se voyoit que par icelles (les rigoureuses punitions) elles (les nouvelles opinions) estoyent fortiffiez». La rigueur serait plus dangereuse en ce moment que jamais. «Vray est qu'estant le Roy monsieur mon filz en la minorité qu'il est et les cendres du feu qui s'est estaint (conjuration d'Amboise et troubles qui suivirent) encores si chauldes que la moindre scintille (étincelle) le flamberoit plus grand qu'il n'a jamays esté», elle avait été «conseillée par tous les princes du sang et aultres princes et seigneurs du Conseil du Roy»,... ayant «esgard à la saison où nous sommes», «d'essayer par honnestes remontrances, exhortations et prédications de réduire ceulx qui se trouveront errer au faict de la foy», et d'autre part «de pugnir sévèrement ceulx qui feront scandales ou séditions, affin que la sévérité en l'ung et la douceur en l'aultre nous puissent préserver des inconvéniens d'où nous ne faisons que sortir»273.