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Deux mois après, il était mort, et François II lui succédait. Les réformés comptaient que le changement de règne amènerait un changement de politique. Mais les Guise n'avaient nulle volonté d'arrêter la persécution. Ils étaient zélés pour la cause catholique et intéressés à la défendre. Le cardinal de Lorraine, archevêque de Reims, abbé de Saint-Denis, de Cluny, de Marmoutier, de Tours, de Fécamp, etc., et qui tirait de tous ses bénéfices 300 000 livres de revenu, devait détester une secte qui voulait abolir la hiérarchie ecclésiastique, organiser démocratiquement l'Église et l'appauvrir pour la régénérer. Les réformés avaient d'ailleurs des relations inquiétantes avec le premier prince du sang, Antoine de Bourbon, le héros du Pré-aux-Clercs, de qui ils attendaient le triomphe de l'Évangile. Dès le premier jour ils opposèrent les droits qu'il tenait de sa naissance à ceux que conférait aux oncles de Marie Stuart la désignation royale. Les jurisconsultes de l'Église réformée--et il en était d'éminents, comme François Hotman,--recueillirent, dans la plus ancienne histoire de France, les précédents qui assignaient aux princes du sang un rang privilégié dans l'État, bien au-dessus des sujets et tout à côté des rois. Sous prétexte que François II était incapable de gouverner, ils soutenaient qu'il y avait lieu de constituer une régence dont le titulaire ne pouvait être qu'Antoine de Bourbon, premier prince du sang. Les Guise ne furent que plus ardents à appliquer les édits. Ils pressèrent le jugement des quatre conseillers arrêtés le jour de la fameuse mercuriale, et en particulier d'Anne Du Bourg, conseiller-clerc qui passait pour avoir bravé Henri II en face192.