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Mahomet eut du respect pour les personnages religieux des diverses croyances, et à son exemple Ali accorda des immunités à beaucoup de couvents chrétiens. De plus le Coran reconnut aux Chrétiens et aux Juifs une certaine dignité dans l'ordre de la foi, parce qu'ils étaient possesseurs de livres révélés; il les désigna par le titre de Gens du Livre et il eut pour eux moins de mépris que pour les païens. Ces circonstances étaient favorables à la conservation de la science. Après la prise de Jérusalem en l'an 636, Omar accorda aux Chrétiens une charte ou capitulation, qui servit de modèle à la plupart des règlements relatifs aux tributaires chrétiens, appliqués depuis dans l'islam. Le texte de cette capitulation nous a été transmis avec quelques variantes par plusieurs historiens, notamment par Tabari 35. Il était permis aux Chrétiens de conserver leurs églises; mais elles devaient être ouvertes aux inspecteurs musulmans et défense était faite d'en bâtir de nouvelles. On ne devait plus sonner les cloches, ni exhiber d'emblèmes religieux en public. Les Chrétiens devaient garder leur costume, ne point porter d'anneaux et se ceindre d'une corde appelée zonnar, comme signe distinctif. Le port des armes et l'usage du cheval leur étaient interdits. Enfin ils étaient soumis à une capitation. Ces dispositions générales pouvaient, suivant le caprice des autorités, être interprétées avec tolérance ou donner lieu au contraire à des vexations pénibles. Mais elles étaient de peu d'importance dans les cas spéciaux où la faveur d'un prince musulman s'attachait directement à la personne de quelque infidèle notable; et comme la science est principalement l'œuvre des individualités, ce sont ces cas spéciaux qui ici nous intéressent le plus.