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Son œuvre plus spécialement scientifique est fort importante. Il aurait traduit la Géographie de Ptolémée, dont une version syriaque existait antérieurement 77. Il recensa les Éléments d'Euclide et il écrivit sur les œuvres de ce géomètre et sur l'Almageste de Ptolémée. Ses écrits sur les mathématiques et sur l'astronomie sont nombreux. Il s'intéressa à la météorologie, à propos de laquelle il eut à combattre les idées des Manichéens sur la constitution du ciel, sur la théorie de la lumière et des ténèbres. Il s'attaqua d'ailleurs aux Manichéens dans un écrit particulier. La médecine ne lui fut pas étrangère, bien qu'il ne semble pas l'avoir pratiquée. Enfin il connut la musique, et il enseigna, avec la théorie, la pratique de cet art. Les aptitudes scientifiques d'el-Kindi constituent certainement un des traits caractéristiques de son génie; il paraît avoir prêté une attention égale aux sciences de la nature et aux sciences spéculatives. Il les considéra sans nul doute comme un fondement nécessaire ou comme une partie intégrante de la philosophie. Un de ses ouvrages a pour titre: Sur ce qu'on ne peut comprendre la philosophie sans être mathématicien. Contrairement à d'autres grands encyclopédistes, on n'aperçoit pas qu'il ait attaché beaucoup de prix à la mystique.